متیلاسیون نابهجای DNA از نشانههای اولیه دگرگونی بدخیم است. ما چشمانداز متیلاسیون سراسر ژنوم را در ۴۸۰ نمونهٔ پیشبدخیم و توموری از شش بافت بررسی کردیم و ۱۲۸۴ ناحیهٔ دارای متیلاسیون متفاوت یافتیم که ضایعات پیشبدخیم را از بیماری مهاجم جدا…
زیرجمعیتی از سلولهای پایای مقاوم به دارو زمینهساز عود پس از درمان هدفمند است. ما وضعیت این سلولها را در آدنوکارسینوم ریه با نیمرخنگاری همزمان رونوشت و دسترسیپذیری کروماتین در هشت مدل بیمار بررسی کردیم. سلولهای پایا بر برنامهای مشتر…
ناهمگونی درونتوموری پاسخ به درمان را شکل میدهد. ما توالییابی تکسلولی DNA و RNA را روی ۳۶ تومور کولورکتال در مراحل مختلف بیماری انجام دادیم و شجرهنامهٔ کلونی را در تفکیک تکسلولی بازسازی کردیم. تکامل انشعابی در تومورهای دارای ترمیم ناجو…
DNA توموری در گردش امکان تشخیص غیرتهاجمی سرطان را فراهم میکند. ما سنجشی مبتنی بر توالییابی نسل جدید طراحی کردیم که همزمان نشانههای متیلاسیون و جهش را هدف میگیرد و آن را در گروهی آیندهنگر شامل ۱۱۵۰ شرکتکننده اعتبارسنجی کردیم.
مهارکنندهٔ تومور p53 نگهبان یکپارچگی ژنوم است. ما فقدان p53 را در اورگانوئیدها مدلسازی کردیم و پیدایش گوناگونی ساختاری را در طول ۴۰ پاساژ دنبال کردیم. کمبود p53 به انباشت سریع رویدادهای کروموتریپسی انجامید.
ریزمحیط تومور در جریان پیشرفت بیماری از نظر اپیژنتیکی بازآرایی میشود. ما تغییرات متیلاسیون را در بخشهای استرومایی و ایمنی تومورهای پستان با توالییابی بیسولفیت جمعیتهای تفکیکشده نقشهبرداری کردیم.
کشندگی سنتتیک از وابستگیهای اختصاصی تومور بهره میگیرد. ما غربالگری CRISPR سراسر ژنوم را در ردههای سلولی دارای جهش BRCA انجام دادیم تا آسیبپذیریهای ترمیم DNA فراتر از PARP را نقشهبرداری کنیم.
نقص ترمیم ناجوری، سود حاصل از ایمندرمانی را پیشبینی میکند، اما به لایهبندی دقیقتری نیاز است. ما امضاهای ترمیم DNA را در ۲۴۰۰ بیمار تحت درمان تحلیل کردیم و امتیاز ترکیبی نقص ترمیم را استخراج کردیم.
گریز از آپوپتوز از نشانههای اصلی سرطان و محرک مقاومت درمانی است. ما آمادگی آپوپتوزی را در نمونههای جفتشدهٔ پیش و پس از درمان با نیمرخنگاری BH3 بررسی کردیم.
زمینهٔ چندژنی نفوذپذیری را در سرطان ارثی تعدیل میکند. ما مدل خطر چندژنی را در ۱۸۰۰۰ ناقل واریانتهای با نفوذپذیری بالا در پنج سندرم ساختیم.
کوتاهشدن تلومر وضعیتی از ناپایداری کروموزومی پدید میآورد که ناهمگونی تومور را تغذیه میکند. ما پویایی تلومر را در ۳۱۲ کارسینوم مهاجم با توالییابی خوانشبلند بررسی کردیم.
درمان سرطانهای دارای جهش KRAS همچنان دشوار است. ما غربالگری حذفی CRISPR سراسر ژنوم را روی ۲۸ مدل توموری دارای جهش KRAS انجام دادیم تا برهمکنشهای کشندهٔ سنتتیک را نقشهبرداری کنیم.
